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Alors que le coronavirus mute, le monde trébuche à nouveau pour réagir – Times of India

DURBAN: Les médecins et les infirmières d’un groupe hospitalier sud-africain ont remarqué une augmentation étrange du nombre de Covid-19 patients dans leurs services fin octobre. Le gouvernement avait relâché son emprise de verrouillage et le printemps avait amené plus de partis. Mais les chiffres augmentaient trop rapidement pour être facilement expliqués, ce qui soulevait une question angoissante.
«Est-ce une souche différente?» un responsable de l’hôpital a demandé dans un e-mail de groupe début novembre, évoquant la possibilité que le virus avait développé une mutation dangereuse.
Cette question a déclenché une enquête génétique à enjeux élevés qui a commencé ici à Durban sur le océan Indien, a averti des chercheurs britanniques et se déroule désormais dans le monde entier. Les scientifiques ont découvert nouvelles variantes inquiétantes du virus, entraînant des fermetures de frontières, des quarantaines et des verrouillages, et aspergeant une partie de l’enthousiasme qui est arrivé avec les vaccins.
La Grande-Bretagne a été particulièrement débordée. Les infections et les hospitalisations ont monté en flèche ces dernières semaines depuis que ce pays a découvert sa propre variante du virus, qui est plus contagieuse que les formes précédentes. Selon une estimation, le virus muté est déjà responsable de plus de 60% des nouvelles infections à Londres et dans les environs.
Le coronavirus a évolué à mesure qu’il traversait le monde, comme tout virus devrait le faire. Mais les experts ont été surpris par le rythme auquel de nouvelles variantes importantes ont émergé, ajoutant une nouvelle urgence à la course entre les meilleures défenses du monde – vaccinations, verrouillages et distanciation sociale – et un ennemi agressif et en constante évolution.
La nouvelle variante frappant la Grande-Bretagne a déjà été trouvée dans environ 45 pays, de Singapour à Oman en passant par la Jamaïque, mais de nombreux pays volent effectivement à l’aveugle, avec peu de sens de la gravité du problème.
Bien avant l’émergence de la pandémie, les responsables de la santé publique réclamaient une surveillance génétique systématique des flambées. Mais malgré des années d’avertissements, de nombreux pays – y compris les États-Unis – ne mènent qu’une fraction des études génomiques nécessaires pour déterminer la prévalence des mutations du virus.
Le Danemark, qui a investi dans la surveillance génétique, a découvert la variante qui afflige la Grande-Bretagne dans plusieurs régions danoises et a récemment resserré les restrictions. Le ministre de la Santé l’a comparé à une onde de tempête, prévoyant qu’elle dominerait les autres variantes d’ici la mi-février.
Et à mesure que les pays cherchent, ils découvrent également d’autres variantes.
Alors que le monde trébuche dans son déploiement de la vaccination et que le nombre de cas atteint des sommets dépassant ceux observés au printemps dernier, les scientifiques voient un besoin urgent de vacciner autant de personnes que possible avant que le virus n’évolue suffisamment pour rendre les vaccins impuissants.
«C’est une course contre la montre», a déclaré Marion Koopmans, virologue néerlandaise et membre d’un groupe de travail de l’Organisation mondiale de la santé sur les adaptations des coronavirus.
Le vaccin à lui seul ne suffira pas pour devancer le virus. Il faudra des années pour vacciner suffisamment de personnes pour limiter son évolution. En attendant, l’éloignement social, le port de masque et le lavage des mains – associés à des tests, un suivi et un traçage agressifs – pourraient gagner du temps et éviter des pics dévastateurs d’hospitalisations et de décès en cours de route. Ces stratégies pourraient encore inverser la tendance contre le virus, ont déclaré des experts.
«Nous savons comment réduire considérablement la transmission du virus grâce à notre comportement», a déclaré Carl Bergstrom, biologiste évolutionniste à la Université de Washington à Seattle. «Nous avons beaucoup d’agence là-bas.»
Pourtant, au cours de la pandémie, les gouvernements se sont souvent montrés réticents ou incapables de galvaniser le soutien à ces défenses de base. De nombreux pays ont pratiquement abandonné le suivi et le traçage. Le port du masque reste politiquement chargé aux États-Unis, malgré des preuves claires de son efficacité. Des villes comme Los Angeles ont été saisies par un pic de cas liés aux fêtes de Noël, et les responsables nationaux de la santé publique se préparent à des surtensions ailleurs, poussés par des personnes qui ont ignoré les conseils et voyagé pendant les vacances.
Beaucoup reste inconnu sur les nouvelles variantes ou même sur le nombre de germes dans le monde. Les scientifiques se précipitent pour séquencer suffisamment de virus pour le savoir, mais seuls quelques pays ont les moyens ou l’engagement de le faire.
La propagation rapide des variantes rappelle les échecs et les faux pas antérieurs des principaux pays dans la maîtrise du virus. Tout comme la Chine n’a pas réussi à empêcher les voyageurs de propager le virus avant le nouvel an lunaire de l’année dernière, la Grande-Bretagne n’a pas réussi à avancer assez vite avant la propagation de la nouvelle variante. La Grande-Bretagne a baissé sa garde pendant les vacances, malgré une augmentation des cas désormais connus pour être liés à une variante. Et tout comme la Chine est devenue un paria dès le début, la Grande-Bretagne a maintenant la malheureuse distinction de s’appeler Plague Island.
La propagation de la variante qui frappe la Grande-Bretagne a laissé certains pays vulnérables à un moment où ils semblaient au bord du salut scientifique. Un exemple typique: Israël. Le pays, qui avait lancé un déploiement de vaccins remarquablement réussi, a resserré son verrouillage vendredi après avoir découvert des cas de la variante. Environ 8 000 nouvelles infections par jour ont été détectées ces derniers jours, et le taux de propagation dans les communautés ultra-orthodoxes a considérablement augmenté.
La variante découverte en Grande-Bretagne, connue sous le nom de B.1.1.7, comporte 23 mutations qui diffèrent de la première version connue du virus à Wuhan, en Chine, dont une ou plusieurs qui la rendent plus contagieuse et au moins une qui affaiblit légèrement les vaccins. «puissance. Certaines expériences suggèrent que la variante se propage plus facilement parce que les mutations lui permettent de se verrouiller plus efficacement sur les voies respiratoires d’une personne.
Bergstrom et d’autres scientifiques ont été surpris de voir émerger cette variante plus transmissible, étant donné que le coronavirus était déjà assez habile à infecter les gens. Mais d’autres experts avaient averti dès le départ que ce ne serait qu’une question de temps avant que le virus ne devienne un adversaire encore plus redoutable.
«Chaque situation que nous avons étudiée en profondeur où un virus a sauté dans une nouvelle espèce, il est devenu plus contagieux avec le temps», a déclaré Andrew Read, un microbiologiste évolutionniste à Université Penn State. «Cela évolue grâce à la sélection naturelle pour s’améliorer, et c’est ce qui se passe ici.»
Une grande partie de la réponse mondiale s’est concentrée sur l’exclusion de la Grande-Bretagne, avec un méli-mélo de restrictions nationales qui rappellent les premières réactions à l’épidémie.
Les experts disent que les pays devraient plutôt se concentrer sur l’augmentation des vaccinations, en particulier parmi les travailleurs essentiels qui font face à un risque élevé avec peu de ressources pour se protéger. Plus le virus se propage longtemps parmi les personnes non vaccinées, plus il peut collecter de mutations susceptibles de nuire à l’efficacité des vaccins.
C’est pourquoi, lorsque le groupe de travail de l’OMS a vu les premières données sur la variante circulant en Afrique du Sud le 4 décembre, tout le monde en a pris note.
«Votre prochaine question est immédiatement la suivante: les vaccins peuvent-ils encore nous protéger si nous contractons des virus porteurs de ces mutations?» dit Koopmans, qui était à la réunion.
Pour l’instant, la réponse semble être oui, a déclaré Jesse Bloom, biologiste évolutionniste au Fred Hutchinson Cancer Research Center à Seattle. Koopmans est d’accord.
Les variantes apparues en Afrique du Sud et au Brésil constituent une menace particulière pour les efforts de vaccination car toutes deux contiennent une mutation associée à une baisse de l’efficacité des vaccins. Dans une expérience, conçue pour identifier le pire des cas, l’équipe de Bloom a analysé 4000 mutations, à la recherche de celles qui rendraient les vaccins inutiles. La mutation dans les variantes du Brésil et d’Afrique du Sud a eu le plus grand impact.
Pourtant, chaque échantillon de sérum de l’étude a neutralisé le virus, quelle que soit la mutation, a déclaré Bloom, ajoutant qu’il faudrait quelques années avant que les vaccins doivent être modifiés. «Il devrait y avoir suffisamment de temps pour être prospectif, identifier ces mutations et probablement mettre à jour les vaccins à temps», a-t-il déclaré.
Ce type de surveillance est ce qui a conduit à la découverte de nouvelles variantes.
Liza Sitharam, infirmière et spécialiste des maladies infectieuses sur la côte sud de l’Afrique du Sud, a été parmi celles qui ont remarqué pour la première fois un petit groupe qui se gonflait rapidement. «Nous aurions cinq cas, puis cela doublerait très rapidement», se souvient-elle. Les chiffres bruts n’étaient pas alarmants, a-t-elle déclaré, mais “il y avait quelque chose qui ne semblait pas juste.”
Son patron du groupe hospitalier Netcare, le Dr Caroline Maslo, a estimé qu’avec l’ouverture des frontières du pays, les voyageurs d’affaires des constructeurs automobiles allemands avaient peut-être apporté une variante européenne. Elle a demandé l’aide de Tulio de Oliveira, professeur et généticien à la Nelson Mandela School of Medicine de Durban, qui avait étudié les variantes virales au cours de la première vague Covid-19.
Bientôt, son laboratoire analysait des écouvillons, expédiés sur de la glace par courrier pendant la nuit. Le 1er décembre, il a envoyé un courrier électronique à un scientifique britannique, Andrew Rambaut, et lui a demandé de passer en revue certaines des premières découvertes: une série de mutations étranges sur la surface externe du virus.
De Oliveira, un scientifique sud-africain brésilien aux cheveux longs et à l’ambiance surfeuse, a partagé ses conclusions lors d’une réunion du groupe de travail de l’OMS le 4 décembre. Tous ont pris note en raison du potentiel des variantes à perturber l’efficacité des vaccins.
Quelques jours plus tard, se souvient-il, Rambaut lui avait envoyé un e-mail avec une découverte de sa part: des scientifiques britanniques avaient parcouru leurs bases de données et trouvé une mutation similaire mais sans rapport avec un groupe d’infections dans le comté de Kent.
C’était deux semaines avant Noël, et de Oliveira a immédiatement pensé au Nouvel An lunaire au début de la pandémie, lorsque des millions de personnes en Chine ont voyagé très loin pour les vacances, certaines porteuses du virus. «C’était clair comme du cristal», a déclaré de Oliveira dans une interview. «Ces variantes se répandront aux niveaux national, régional et mondial.»
Rambaut et ses collègues ont publié un article sur la variante découverte en Grande-Bretagne le 19 décembre – le même jour, les autorités britanniques ont annoncé de nouvelles mesures. La variante avait apparemment circulé sans être détectée dès septembre. Rambaut a depuis crédité l’équipe sud-africaine de la pointe qui a conduit à la découverte de la variante en plein essor en Grande-Bretagne.
Les responsables de la santé publique ont formellement recommandé ce type de surveillance génétique rapide et de partage d’informations comme l’une des clés pour rester au courant du virus en constante évolution. Mais ils réclament une telle surveillance de routine depuis des années, avec des résultats mitigés.
«Le message était très clair: c’est ainsi que la surveillance doit se dérouler», a déclaré le Dr Josep Jansa, chercheur principal en santé publique au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Tout comme Covid-19 a révélé des failles dans les plans de lutte contre la pandémie dans le monde il y a un an, la chasse aux nouvelles variantes expose les lacunes de la surveillance. «Nous apprenons», dit-il. “Lentement.”
La Grande-Bretagne a l’un des régimes de surveillance les plus agressifs, analysant jusqu’à 10% des échantillons testés positifs pour le virus. Mais peu de pays ont mis en place des systèmes aussi robustes. Les États-Unis séquencent moins de 1% de leurs échantillons positifs. Et d’autres ne peuvent pas espérer s’offrir l’équipement ou construire de tels réseaux à temps pour cette pandémie.
Au Brésil, des laboratoires qui avaient redirigé leur attention de Zika vers le coronavirus y avaient découvert une mutation inquiétante dès ce printemps. Mais on sait peu de choses sur les variantes qui circulent dans le pays ou sur la rapidité avec laquelle elles se propagent. «Nous ne savons tout simplement pas parce que personne ne séquençe ou ne partage les données», a déclaré le Dr Nuno Faria de Collège impérial et L’université d’Oxford, qui coordonne des projets de séquençage génomique avec des collègues au Brésil. «La surveillance génomique coûte cher.»
Au fur et à mesure que le virus continue de muter, d’autres variantes importantes émergeront presque certainement. Et ceux qui rendent le virus plus résistant ou plus contagieux seront plus susceptibles de se propager, a déclaré Read. «Plus vite nous pouvons sortir les vaccins, plus vite nous pouvons maîtriser ces variantes», dit-il. “Il n’y a pas de place pour la complaisance ici.”

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